Η ψηφιακή συλλογή του Κέντρου Ιστορίας της βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης έχει ως κεντρικό θέμα τα αρχιτεκτονικά και ζωγραφικά μνημεία και όλα τα άλλα έργα τέχνης της περιόδου αυτής εστιάζοντας στο Άγιο Όρος.
Τα 1534 τεκμήρια της συλλογής συγκροτούν ένα σημαντικότατο αρχείο αρχιτεκτονικών σχεδίων, φωτογραφιών και απόψεων των Αθωνικών ναών και μοναστηριών, αποτέλεσμα της έρευνας του Ακαδημαϊκού και αρχιτέκτονα Παύλου Μυλωνά από το 1954 έως το θάνατό του το 2005. Η συγκρότηση ενός αγιορείτικου αρχείου εντυπωσιακής πληρότητας υποστηρίχτηκε από σπουδαστές του Πολυτεχνείου, της Αρχαιολογικής Σχολής Θεσσαλονίκης και της Σχολής Καλών Τεχνών. Το αρχείο υπερβαίνει την απλή αρχιτεκτονική καταγραφή, καθώς μέσα από το πλούσιο υλικό αναδύεται και μία ανθρωπολογική διάσταση του τόπου και των μοναχών.
