Η ψηφιακή συλλογή του Μουσείου Ιατρικής Κρήτης περιλαμβάνει περίπου 350 τεκμήρια που τεκμηριώνουν την εξέλιξη της ιατρικής επιστήμης και πρακτικής, με ιδιαίτερη αναφορά στον ελληνικό χώρο. Η συλλογή συγκροτεί ένα πολυθεματικό σύνολο που συνδυάζει επιστημονικά, εκπαιδευτικά και ιστορικά τεκμήρια, αναδεικνύοντας τόσο τη θεωρητική όσο και την εφαρμοσμένη διάσταση της ιατρικής.
Κεντρική θέση κατέχουν τα ιατρικά βιβλία και τα εξειδικευμένα χειρόγραφα (ιατρικά, φαρμακευτικά και νοσηλευτικά), καθώς και ιατρικά εργαλεία, συσκευές και φαρμακευτικό υλικό- επίσης ένα μικρό αλλά σημαντικό σύνολο εργαλείων της περιόδου της Τουρκοκρατίας, που φωτίζουν την ιστορική εξέλιξη της ιατρικής τεχνολογίας.
Σημαντική είναι επίσης η παρουσία εικαστικού και φωτογραφικού υλικού, όπως πορτραίτα, ομαδικές φωτογραφίες και φωτογραφικά αρχεία, που αναδεικνύουν πρόσωπα και στιγμές της ιατρικής κοινότητας. Συμπληρωματικά, περιλαμβάνονται προσωπικά αντικείμενα, πτυχία, βραβεία και αρχειακό υλικό, τα οποία τεκμηριώνουν την επαγγελματική και κοινωνική διάσταση της ιατρικής δραστηριότητας.
Η συλλογή εμπλουτίζεται με τρισδιάστατες ψηφιοποιήσεις (περίπου 40 αντικείμενα). Συνολικά, το ψηφιακό αυτό σύνολο αποτελεί ένα συνεκτικό και τεκμηριωμένο corpus που αναδεικνύει την ιστορία της ιατρικής και της υγειονομικής φροντίδας από ιστορική, επιστημονική και κοινωνική σκοπιά.